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DdmDE系統的結構基礎是理解其質粒消除機制的關鍵。根據當前的研究，DdmDE系統的結構基礎可以詳細描述如下：

一、系統組成

DdmDE系統由兩個主要組件組成：DdmD和DdmE。

DdmD：一種解旋酶-核酸酶融合蛋白，具有降解質粒DNA的能力。

DdmE：一種DNA引導的原核生物Argonaute（pAgo）蛋白，負責識別并靶向質粒DNA。

二、DdmD的結構

自抑制二聚體結構：DdmD在未與DdmE結合時，以自抑制的二聚體形式存在。這種自抑制狀態確保了DdmD在不需要時不會非特異性地降解DNA。

解旋酶和核酸酶結構域：DdmD包含N端超家族2（SF2）解旋酶結構域和C端PD-(D/E)XK核酸酶結構域。這兩個結構域協同工作，解旋DNA雙鏈并切割單鏈DNA。

單粒子冷凍電鏡（cryo-EM）解析：通過cryo-EM技術，研究人員確定了DdmD二聚體的原子結構，揭示了其催化活性的關鍵機制。

三、DdmE的結構

催化失活、DNA引導的pAgo：DdmE是一種催化失活的pAgo蛋白，它使用短DNA片段（<15 nt）作為向導來靶向質粒DNA。與其他長pAgo蛋白不同，DdmE缺乏內切酶活性，因此需要通過DdmD來實現DNA切割。

結構域：DdmE具有的結構域，這有助于其穩定地與DNA向導結合，并精確識別靶標DNA。

與DdmD的相互作用：當DdmE與DNA結合時，會觸發DdmD二聚體的解體，并將單體DdmD加載到非靶標DNA鏈上。這種相互作用是DdmDE系統實現質粒降解的關鍵步驟。

四、DdmDE復合物的結構

異源二聚體復合物：在體內突變研究和體外實驗中，研究人員發現DdmDE復合物以異源二聚體的形式存在。其中，DdmE與gDNA-tDNA雙鏈結合，而DdmD與移位的非靶DNA（ntDNA）鏈結合。

DNA引導的靶向和降解：DdmE使用DNA向導靶向質粒DNA后，DdmD被招募到非靶標DNA鏈上，并通過ATP驅動的解旋和切割過程降解質粒DNA。

五、結論

DdmDE系統的結構基礎揭示了其如何通過DdmE的DNA引導和DdmD的解旋酶-核酸酶協同作用來實現質粒的靶向和降解。這一發現不僅為理解原核生物基因組防御系統提供了新的視角，也為未來基因編輯和抗菌治療工具的開發提供了潛在的靶點。